Constitués par le comité de pilotage, les groupes de travail ont un rôle d'élaboration technique et scientifique, au plus près du terrain. Ce sont des instances de réflexion qui n'ont pas de pouvoir décisionnel.
Les groupes de travail soumettent des propositions au comité de pilotage qui est la seule instance habilitée à valider les propositions. Sur le site Natura 2000 des étangs du canal d'Ille-et-Rance, différents groupes de travail ont été institués :
Groupes de travail de la phase animation du Docob (à partir de 2015) :
- Groupes de travail révision du document d'objectifs Natura 2000
- Groupes de travail révision du périmètre Natura 2000
- Réunion du 8 décembre 2015
- Réunion du 18 avril 2016
- Réunion thématique - propriétaires forestiers du 17 juin 2016
- Réunion thématique - exploitants agricoles de juillet 2016 - compte rendu
- Réunion thématique - exploitants agricoles de juillet 2016 - présentation
- Réunion thématique - exploitants agricoles de juillet 2016 - réglementation agricole
- Réunion thématique - usagers du 19 janvier 2017
- Permanences en mairie - printemps 2018